Η ΕΦΑ Φλώρινας είναι Περιφερειακή Υπηρεσία του Υπουργείου Πολιτισμού, Παιδείας και Θρησκευμάτων σε επίπεδο Διεύθυνσης. 
Συνεργάζεται με τις Διευθύνσεις της Κεντρικής Υπηρεσίας και τις λοιπές Υπηρεσίες του Υπουργείου και εκτελεί έργα, τα οποία περιλαμβάνονται στα ετήσια Προγράμματα Δράσης, όπως εγκρίνονται από τον Υπουργό, μετά από γνώμη των αρμοδίων Συμβουλίων. Το προσωπικό της μετέχει στη διεξαγωγή συστηματικών και σωστικών ανασκαφών ή άλλων αρχαιολογικών έργων και ερευνών, στη μελέτη και διοργάνωση των μόνιμων και περιοδικών εκθέσεων, στη διαμόρφωση και λειτουργία των αρχαιολογικών χώρων, στην οργάνωση, λειτουργία και προβολή των μουσείων, ανάλογα με τις υπηρεσιακές ανάγκες και ανεξάρτητα από την κατανομή τους στα επιμέρους Τμήματα. 

Στην Εφορεία συγκροτείται και λειτουργεί επιστημονική ολομέλεια, στην οποία μετέχουν οι υπάλληλοι Κλάδων και Ειδικοτήτων ΠΕ και ΤΕ, υπό την προεδρία του Προϊσταμένου. Στην επιστημονική ολομέλεια, η οποία συνέρχεται τουλάχιστον τρεις φορές το χρόνο, συζητείται το πρόγραμμα δράσης, η αξιολόγηση εφαρμογής των στόχων της υπηρεσίας και ο ενδεχόμενος επανακαθορισμός τους.

Αρμοδιότητα της ΕΦΑ Φλώρινας είναι η διατήρηση και η προστασία των αρχαιοτήτων προϊστορικών, κλασικών, βυζαντινών και μεταβυζαντινών χρόνων στην Π.Ε. Φλώρινας, η αποκάλυψη, η συντήρηση και η ανάδειξή τους, η έκθεση των κινητών μνημείων στα Μουσεία, η μελέτη και εκτέλεση αρχαιολογικών έργων, η επισκευή, η αποκατάσταση, η αναστήλωση, η ανάδειξη, ο ευπρεπισμός μνημείων και αρχαιολογικών χώρων, η επιστημονική μελέτη και δημοσίευση των αρχαιολογικών δεδομένων, η διαχείριση μνημείων, αρχαιολογικών χώρων, Μουσείων και Συλλογών. Η Εφορεία διεξάγει επιφανειακές και ανασκαφικές έρευνες και ασκεί εποπτεία των αρχαιολογικών χώρων και των μνημείων αρμοδιότητάς της. Διενεργεί εκτεταμένες ανασκαφές σωστικού χαρακτήρα σε αρχαιολογικούς χώρους που απειλούνται από την υλοποίηση μεγάλης κλίμακας τεχνικών έργων και από τη λειτουργία των λιγνιτωρυχείων της ΔΕΗ. Μεριμνά για τη συντήρηση, την αποθήκευση και τη φύλαξη των αρχαιολογικών ευρημάτων. Γνωμοδοτεί για τη χορήγηση αδειών εκτέλεσης τεχνικών έργων και ελέγχει κάθε είδους εκσκαπτικές εργασίες. Γνωμοδοτεί σχετικά με άδειες κινηματογράφησης, φωτογράφησης κλ.π. σε αρχαιολογικούς χώρους μνημεία και Μουσεία, σχετικά με άδειες μελέτης ή μεταφοράς αρχαιολογικού υλικού, σχετικά με δειγματοληψίες από αρχαία αντικείμενα ή μνημεία. Γνωμοδοτεί για τη συμμετοχή αρχαιοτήτων της Π.Ε Φλώρινας σε εκθέσεις στην ημεδαπή ή στην αλλοδαπή. Φροντίζει για την κήρυξη αρχαιολογικών χώρων και μνημείων και για τη θεσμοθέτηση ζωνών προστασίας όπου κρίνεται απαραίτητο. Χορηγεί άδειες ελευθέρας εισόδου σε Μουσεία και αρχαιολογικούς χώρους, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία. Πραγματοποιεί εκπαιδευτικά προγράμματα σε συνεργασία με τη Διεύθυνση Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης και διοργανώνει περιοδικές εκθέσεις και ποικίλες εκδηλώσεις πολιτιστικού ενδιαφέροντος. Προετοιμάζει την εισαγωγή θεμάτων στο ΚΑΣ, στο Συμβούλιο Μουσείων ή στο Τοπικό Συμβούλιο Μνημείων, όπως ορίζει η κείμενη νομοθεσία. Συμμετέχει σε διεθνή και ευρωπαϊκά προγράμματα, και διοργανώνει ή συμμετέχει σε ημερίδες, συνέδρια, σεμινάρια κ.ά.